Die Kolonie Heliopolis im All gehört der neutralen Nation Orb an und ist nicht weit von den aktuellen Geschehnissen des Krieges entfernt.
Hier lachen, spielen und lernen Menschen für ihre Zukunft, ebenso der 16-Jährige Student Kira Yamato. So friedlich aber alles ist, der Schein ist trügerisch...

Auch wenn die Heliopolis neutral ist, werden dort 5 riesige Roboter Prototypen, die so genannten Mobile Suits und ein neues Trägerschiff, die ArcAngel im Auftrag der Erdallianz gebaut und versteckt. Dies hat ihr Widersacher die ZAFT (Zodiac Alliance of Freedom Treaty) mitbekommen und versucht diese mit ihren fünf Elite-Piloten zu stehlen.
Zu dieser Zeit macht Kira auf der Heliopolis gerade eine Arbeit für seinen Professor, als er sich an eine frühere Zeit mit seinem Freund Athrun Zala erinnert...
Eine Explosion, durch die Elite Piloten ausgelöst, lässt das Labor, in dem sich Kira und seine Freunde befinden, erschüttern. Durch das Chaos, getrennt von seinen Freunden, entdeckt der erstaunte Student die fünf Prototypen der Erdallianz. Doch es bleibt nicht viel Zeit zum Staunen, denn er muss einen Schutzraum aufsuchen. Dabei sieht er wie ein weiblicher Offizier der Erdallianz namens Murrue Ramius gerade von einem Soldat der ZAFT von hinten ins Visier genommen wird. Er warnt sie und rettet ihr damit das Leben. Da sie weiß, dass es hier kein Schutz mehr für Kira gibt, schreit sie ihm zu, er solle zu ihr herkommen, zur derselben Zeit, wird einer der 5 Elite Piloten erschossen. Sein Freund, ein weiterer der ZAFT Piloten, ist außer sich über den Tot seines Kumpels und schießt wild um sich her, wobei er Ramius leicht an der Schulter trifft, die darauf hin, bewusstlos in sich zusammen sinkt. Doch der Pilot hat keinen Schuss mehr übrig und will mit seinem Messer das Angefangene zu Ende bringen. Kira an der Seite der Bewusstlosen Frau, steht nun geschockt dem ZAFT Piloten gegenüber. Was tun? Er befindet sich in einem Dilemma, denn Kira erkennt seinen ehemaligen besten Freund, Athrun Zala wieder. Beide Jugendliche stehen sich Auge um Auge gegenüber, bis Ramius wieder ihr Bewusstsein erlangt und Athrun mit Pistolenschüssen verjagt. Um, in der in Flammen aufgehenden Umgebung, wenigstens einen Mobile Suit zu retten, wird Kira von ihr in den letzten verblieben Mobile Suit "Strike" gestoßen, aber die Gefahr ist noch lange nicht vorbei... Denn Ramius ist mit den unfertig gebauten Suit völlig überfordert, die nun so ein leichtes Ziel der Elite Piloten sind. Um seine Freunde vor der drohenden Gefahr zu retten, übernimmt Kira kurzerhand die Steuerung des Suits und schreibt als Programmierer das langsame und schwerfällige Betriebssystem um. Er tauft dabei das „General Unilateral Neuro-link Dispersive Autonomic Maneuver“ System in GUNDAM. Somit kann der Angreifer vorerst vertrieben werden.


... könnte der Eine oder Andere nun denken, nachdem er das Betriebssystem umgeschrieben hat. Aber Kira hat seine Fähigkeit allein der Tatsache, dass er ein "Coordinator" ist, zu verdanken. Coordinator sind genmanipulierte Menschen, die leistungsfähiger, sowohl physisch als auch psychisch, sind, als normale Menschen, die "Naturals", wie es z.B. Murrue Ramius einer ist. Die Naturals fangen mehr und mehr an, die Coordinator durch ihre Überlegenheit zu hassen. So wurde die Welt in 2 Lager gespalten. Und genau um Coordinators und Naturals geht es in Gundam SEED.
ZAFT, die nur aus den genmanipulierten Menschen besteht und auf der anderen Seite die Erdallianz, mit den „normalen“ Menschen. Wer hätte das gedacht? Denn genau dazwischen ist jetzt der überzeugte Pazifist Kira geraten. Dumm nur, dass Kira, nachdem die Heliopolis zerstört wurde und auf der ArcAngel gelandet ist, der einigste ist, der den Mobile Suit „Strike“ effektiv steuern kann. Da sich seine Freunde ebenfalls auf dem Schiff befinden, trifft der Junge Kira eine Entscheidung: Er zieht mit dem Gundam in den Kampf, gegen Seinesgleichen - den Coordinatorn.


Das Ziel ist für beide Seiten klar, die ArcAngel Crew, die versucht auf die Erde zur ihrer Hauptbasis zu gelangen und Athrun mit Hilfe seiner Crew, die genau dies versuchen mit aller Macht zu verhindern.